まず最初にNaoyaさんのSupportFaceChat.jsとYomi？さんのGamepadConfig.jsという２つのプラグインが導入されていることを確認してください。それではさっそくSupportFaceChat.jsの中身を見てみます。
下記の1行は直接関係があるわけではないですが覚えておくといいかも。

Input.keyMapper[67] = 'FaceChat';　//キーマッパー67番目(Cキー)に'FaceChat'を登録

下記のメソッドで常にキーを監視をしていて上記だとCキーが押された場合'FaceChat'というトリガーが起動します。

//フェイスチャットボタンが押されたらフェイスチャットを呼ぶ
Scene_Map.prototype.isFaceChatCalled = function() {
return Input.isTriggered('FaceChat');
};

上記の点を踏まえた点でGamepadConfig.jsを見てみます。最初の方に決定キーをコントローラのどのボタンにするか？とかそのボタンに関するヘルプみたいなのが記載されてると思いますので同様にFaceChat用のパラメータを追加してあげます。
* //追加した部分
* @param FaceChat Button
* @desc This is the command name for the FaceChat button.
* @default FaceChat
*
* //追加した部分
* @param FaceChat Help
* @desc This is the help description for the FaceChat button.
* @default Use it to quickly FaceChat menus.

これでプラグインマネージャーからパラメータを編集することが出来ます。次にParameter Variablesと書かれてる群に
Yanfly.Param.GamepadConfigFaceChatTx = String(Yanfly.Parameters['FaceChat Button']);//追加した部分
Yanfly.Param.GamepadConfigFaceChatHelp = String(Yanfly.Parameters['FaceChat Help']);//追加した部分
を追加してあげます。

次にConfigManagerの群に
ConfigManager.gamepadInput = {

～～略～～
8: 'FaceChat',//追加した部分
～～略～～

};
の用に追加してあげます。さらにConfigManager.readGamepadConfigメソッドのreturnの中にも同じように追加します。
あとは選択肢が増えたのでメニューに表示させるようにします。
Window_GamepadConfig.prototype.makeCommandListメソッドの最初の行の条件文を下記のように書き換えます。

for (var i = 0; i < 7; ++i) { //選択肢が増えたので条件値を増やします

同様にWindow_GamepadConfig.prototype.drawItemメソッドの最初の行の条件文を下記のように書き換えます。

if (index > 6) { //選択肢が増えたので条件値を増やします

Window_GamepadConfig.prototype.getButtonTypeTextメソッドに下記の1行を追加します。

if (index === 6) return Yanfly.Param.GamepadConfigFaceChatTx;//追加した部分

Window_GamepadConfig.prototype.getButtonKeyメソッドにも下記の1行を追加します。

if (index === 6) return 'FaceChat';//追加した部分

Window_GamepadConfig.prototype.updateHelpメソッドに下記の行を追加します。

case 6://追加した部分
this._helpWindow.setText(Yanfly.Param.GamepadConfigFaceChatHelp);
break;

最後にScene_GamepadConfig.prototype.commandResetメソッドに下記の1行を追加して終了です。
8: 'FaceChat',//追加した部分






ところでこの記事を書きながらNaoyaさんのブログを見に行ったらね・・・フェイスチャット機能更新してたの。んで更新内容見たら
　○ Ver 1.10 (2015/11/26)
　　・フキダシアイコン描画の機能追加
　　・サイドビューステート描画の機能追加
　　・顔グラ変更の機能追加
　　・顔グラ相対移動の機能追加
　　・ゲームパッドの操作に対応
　　・再起動すると追加していたチャットが消える問題を修正

・・・・・・マジですか。どうやら取り越し苦労だったようです。